1. نوشته های دینی
آثار و نوشته های دینی ملاصدرا عبارتند از:
1. اسرار الآیات و انوار البینات
2. تفسیر القرآن الکریم
3. خلق الاعمال
4. شرح الاصول من الکافی
5. القضا و القدر
6. المبدأ و المعاد
7. متشابهات القرآن
8. المظاهر الالهیة فی اسرار العلوم الکمالیه
9. مفاتیح الغیب
10. الواردات القلبیه فی معرفة الربوبیة
2. نوشته های فلسفی
بیشتری تألیفات ملاصدرا مربوط به علوم فلسفی است. آثار فلسفی وی عبارتند از:
1_اتصاف الماهیة بالوجود 2- اجوبة المسائل الجیلانی
3- اجوبأ المسائل النصیریة 4- اجوبة المسائل بعض الخلّان
5- اکسیر العارفین فی معرفة الحقّ و الیقین 6- ایقاظ النائمین
7- التشخیص 8- تعلیقات شرح حکمة الاشراق
9- تعلیقات علی الاهیات من الشفاء 10- حدوث العالم
11- الحشر 12- الحکمة المتعالیه فی الاسفار العقلیة الاربعه
13- سریان نور وجود الحقّ فی الموجودات 14- سه اصل
15- شرح الهدایة الأثیریه 16-الشواهد الربوبیه فی المناهج السلوکیه
17- الرسالة القدسیة فی اسرار النقطة الحسَیة 18- کسر الاصنام الجاهلیة
19- لمیه اختصاص المنطقة بموضع معین من الفلک 20- المسائل القدسیة
21- المشاعر 22- المعاد الجسمانی (زاد المسافر)
نوشته های دینی- فلسفی
1- [رساله فی] اثبات الباری
2- حاشیه بر رواشح السماویة (میرداماد)
3- دیباچه ی عرش التقدیس (میرداماد)
4- [رسالة فی] الکفر و الایمان
5- اتحاد عاقل و معقول
6- المزاج
7- الوجود
نوشته های منطقی
1- التصور و التصدیق
2- اللمعات المشرقیه فی المباحث المنطقیه
نوشته های مشکوک
گذشته از نوشته های ذکر شده ی بالا در تحقیقات جدید صدرا شناسی عده ای از رسالات و مکتوبات قبلی که تصور می شد از ملا صدرا باشد مشکوک تشخیص داده شد. این آثار عبارتند از :
1- اثبات شوق الهیولی للصورة
2- آداب البحث و المناظره
3- [رسالة فی] اثبات واجب الوجود
4- [رسالة فی] اجوبة الأسئله
5- الامامه
6- [رسالة فی] بحث المغالطات
7- [رسالة فی] بدو وجود الانسان
8- [رسالة فی] تجدید مقالات أرسطو
9- حاشیه رواشح السماویه
10- حاشیه انوار التنزیل
11- حاشیه الروضة البهیه
12- رساله ی فارسی
13- حاشیه شرح التجدید
14- [رسالة فی] رموز القرآن
15- شبهة الجذر الأصمّ
16- شرح حدیث نبوی (ص): خلق الله الأرواح....
17- طرح الکونین.[10]
