شیخ طوسی نوشتهاست که شیخ صدوق 300 جلد کتاب تألیف کردهاست[6] و نجاشی 198 کتاب از وی نام بردهاست.[7] برخی از مهمترین آثارش عبارتاند از:
- من لا یحضره الفقیه (دومین کتاب از کتب اربعه)
- علل الشرایع (درباره فلسفه احکام و علت تشریع آنها است)
- کمال الدین و تمام النعمة (درباره اثبات وجود امام زمان و غیبت طولانی آن حضرت از نظر عقلی و نقلی)
- التوحید
- الخصال الممدوحه و المذمومه[8]
- الأمالی [9]
- عیون اخبار الرضا
- صفات شیعه
- مصادقه الاخوان
- اثبات ولایت علی علیهالسلام
- معرفت
- گوهر گمشده یا مدینه العلم
- المقنع در فقه
- معانی الاخبار
- مشیخته الفقیه
- امامی (مجالس)
- ثواب الاعمال و عقاب الاعمال[10]
- الاوائل
- الاواخر
- المناهی
- دعائم الاسلام
- اثبات الوصیة
- المصابیح
- التاریخ
- المواعظ
- التقیه
- الناسخ و المنسوخ
- الباطل العلو و التقصیر
- السر المکتوم الی الوقت المعلوم
- مصباح المصلی
- الهدایه فی الاصول والفقه
- المواعظ و الحکم
- تعداد زیادی در فضیلت برخی اعمال و بعضی از ماهها
- تعداد زیادی رساله در موضوعات مختلف فقهی و غیر آن
- چندین کتاب در فضایل پیامبر و امامان و برخی از اصحاب
- کتابهای متعدد در بیان زهد پیامبر و امامان (ع)
- و چندین کتاب در پاسخ به سؤالهای مردمی
درگذشت
وی پس از گذشت هفتاد و پنج سال از عمرش، در سال 381 دعوت حق را لبیک گفت و در شهر ری دیده از جهان فرو بست و در شهر ری مدفون گردید که بعدها گورستان ابنبابویه در اطراف آن ساخته شد.
سالم ماندن جسد شیخ پس از گذشت بیش از 800 سال
آرامگاه شیخ صدوق، درگذر زمان به خاطر حمله مغولان و جنگهای خوارزمشاهیان و تیموریان و همچنین به علت حوادث مختلف چندین مرتبه خراب و ویران شد و سالها در زیر تودههای خاک پنهان گردیده بود[[11]] بهگونهای که در زمان فتحعلی شاه در سال 1238 روی آن را کشتزار و باغی فراخ به نام «باغ موستوفی» پوشانده بود[[12]]؛ ولی در آن سال باران زیادی بارید که بر اثر آن، سیل عظیمی آمد و تمام زمینهای کشاورزی و باغهای اطراف شهرری را آب فرا گرفت و بعضی از مناطق را تخریب نمود؛ اطراف مزار شیخ صدوق نیز فروریخت و شکافی ژرف در کنار آن پدید آمد؛ هنگامی که به اصلاح و مرمت این قسمت مشغول بودند، سردابی ظاهر شد که آب قسمتی از آن را تخریب کرده بود. در پی این حادثه، واقعه? عجیبی نیز اتفاق افتاد که تفصیل این واقعه را بسیاری از بزرگان در کتب خود، مانند: خوانساری در کتاب روضات، تنکابنی در کتاب قصص العلما، مامقانی در کتاب تنقیح المقال، خراسانی در کتاب منتخب التواریخ، قمی در کتاب فوائد الرضویه و رازی در کتاب اختران فروزان ری و همچنین در مقدمه کتب مرحوم صدوق، از جمله کتاب کمال الدین صدوق و مقدمه کتاب خصال صدوق نقل نمودهاند. وقتی که برای بازرسی و جستجو به آنجا وارد شدند، جسدی را مشاهده کردند که تمام اعضای بدنش سالم و تازه به نظر میرسید و هیچگونه عیب و نقصی در آن دیده نمیشد، و با صورتی نیکو آرمیده بود! و هنوز اثر حنا بر ناخنهایش مشهود بود[[13]]، ناخنهای یک دست را گرفته و ناخن دست دیگر را نگرفته بود، ریشش روی سینهاش ریخته شده بود و بدن چنان سالم و تازه بود که چنین به نظر میآمد تازه از حمام بیرون آمدهاست و فقط رشتههای نخ پوسیده کفن که از هم گسسته شده بود در اطراف جسد بر روی خاک ریخته بود! این خبر به سرعت در شهر ری و تهران پیچید تا آنکه به گوش فتحعلی شاه قاجار رسید. وی دستور داد سرداب را نپوشانند تا او شخصاً جسد را ببیند؛ شاه به همراه گروهی از علما و افراد سرشناس و صاحب نفوذ، که در بین ایشان مرحوم حاج آقا محمد آل آقا کرمانشاهی و مرحوم میرزا ابوالحسن جلوه، حکیم گرانمایه آن روزگار و مرحوم آیتالله ملا محمد رستم آبادی و مرحوم علامه سید محمود مرعشی نجفی (پدر آیتالله مرعشی نجفی) حضور داشتند، برای بررسی وضعیت در منطقه حضور پیدا کردند و وارد سرداب شدند و پس از سالم یافتن پیکر و تأیید اصل قضیه، برای شناسایی جسد، شروع به بررسی و جستجو نمودند. با جستجو و بررسیهای انجام شده در سرداب، متوجه لوح و سنگ قبری میشوند که بر روی آن چنین نوشته شدهاست:
(به عربی: هذا المرقد العالم الکامل المحدث، ثقة المحدثین، صدوق الطایفه، أبو جعفر محمد بن علی بن حسین بن موسی بن بابویه قمی.)
پس از بررسیهای کامل و پیدا شدن این سنگ نبشته و تأیید علما و امینان مردم، در صحت و شناسایی جسد شیخ صدوق، جای هیچگونه تردیدی باقی نماند، پس دستور داد سرداب را بازسازی کنند، در آن را ببندند، حفره پدید آمده را مرمت کردند و بنایی مناسب بر آن بسازند و به بهترین وجه تزیین و آینهکاری نمایند.
مرحوم آیتالله مرعشی نجفی کلامی را نیز در اینباره چنین بیان میدارند که:
مرحوم پدرم، علامه سید محمد مرعشی نجفی میفرمودند: «من دست آن بزرگوار را بوسیدم و دیدم که تقریباً پس از نهصد سال که از مرگ و دفن شیخ صدوق میگذرد، دست ایشان، بسیار نرم و لطیف بود.»سید مهدی میرمیران